随着市场经济的不断发展和改革开放的不断推进，农业、农村、农民正在发生前所未有的深刻变化，农村基层党组织与农民群众的利益关系和联结方式也正在发生着深刻的变化，农村基层党建工作面临着许多亟待研究解决的新情况、新矛盾、新问题。这就要求基层党组织建设的工作任务、组织形式、活动方式和工作方式，必须适应时代要求和发展需要。
一、当前基层党建工作存的问题
(一)党组织的地位和作用“弱化”。一是个别单位对党建工作重视不够，存在重经济、轻党建的倾向，对党建工作责任制执行不力，党建工作“第一责任人”意识不强，“一岗两责”落实不到位。二是少数同志不愿意做党务工作，主要精力集中抓经济工作及业务工作上，对党建工作只是应付、被动地去做，对党建工作组织不力，抓得不紧。三是个别单位党的组织形同虚设，基本没有党组织的单独活动，几乎所有的工作都是由行政行为所代替，而 支部活动则被干部职工活动所代替。
(二)组织教育活动不经常。部分基层党组织生活制度落实不够全面，没有将组织教育纳入支部重要议事日程，存在重工作、轻学习的现象地区。特别是个别单位对组织生活制度抓得不实，流于形式。在抓党员思想教育中，不注重对党员的集中学习，缺乏对科学文化、基本技能、法制理念、文化素养的教育，使得一些党员对政治学习兴趣不浓，导致业务理论一知半解，工作水平和能力平平，思想观念陈旧落后，宗旨意识有所淡化。
(三)抓中心议大事能力不强。主要是对什么是中心、如何抓中心把握不准，分不清哪些是重大问题，哪些是一般问题，该管的没管住，该放的没放开，大事议不透，小事议不完。片面认为，党支部就是研究表彰奖励、党员发展、经费开支等问题，未能将年度工作计划、贯彻上级重大决策、阶段性重大工作同经济工作齐抓共管，直接造成了党建工作和经济工作的分离脱节。
(四)党员先锋意识“淡化”。一些基层党组织不注重党员发挥先锋模范作用，致使个别党员放松了对自己的要求。有的党员党性淡簿，日常工作中把自已等同于普通群众，只顾局部利益，缺乏全局观念;有的党员工作缺乏热情和积极性，得过且过，工作上不求进取，少数党员只缴纳党费不参加组织生活;有的党费也要催缴，还有的甚至连党费也不愿意按规定标准缴纳。这些个问题的存在，严重影响了党的形象，影响工作的健康发展。对此，必须认真加以改进和解决。
二、存在上述问题的主要原因
(一)思想认识不到位。一是部分党员干部理想信念动摇，甚至腐化堕落，丧失了党员干部在广大农民群众中的先锋模范作用，给开展思想政治工作造成了巨大的负面影响。二是部分农村党员干部不善于用新方法解决新问题，因循守旧，致使工作停滞不前。三是极个别村干部一旦当选，就千方百计在“权”上做文章，把权力当成谋取私利的工具。
(二)综合素质不到位。有的村干部对农村政策掌握不多，不懂农村基层工作程序，遇到问题不知如何处理;有的对有关政策理解片面，把握不准，断章取义;有的对如何依法履行职责不清楚，凭经验和主观臆断开展工作;个别村干部自律意识差，方法简单，作风粗暴，依法行政、依法办事能力差;有的村干部宗旨观念不强，服务意识淡泊，利己思想严重，甚至违法违纪，影响了村干部在群众心目中的形象。
(三)机制管理不到位。一方面制度不健全，缺乏有针对性、可操作性强的基层组织制度，工作无章可循，随意性很大。有的虽有制度，但落实不好，形同虚设。另一方面管理机制不配套，上级党组织对不履行职责和存在这样那样问题的基层党组织成员多是进行批评教育，对那些经教育不改却又达不到党纪国法处理的束手无策
(四)缺乏深入的调查研究。基层党组织由于整天忙于事务性工作，往往容易忽视与工作服务对象面对面的交心谈心，在倾听工作服务对象意见方面还存在着不足。没有深入周到的调查研究就不能得出准确无误的结论，在分析基层党组织在社会管理及其创新工作中时可能就缺乏针对性和可操作性。
(五)经费的制约。由于基层党组织的党务活动经费的不足，所以不能保证党建工作的经常性。党务经费的不足可能会制约党建工作的力度和效率，同时还会影响到基层党组织的社会管理及其创新工作。
