单位退休费不堪重负，甚至无法保证及时足额支付。二是机关事业单位工作人员退休费是按“最终工资”的一定比例分档计算的，难以充分体现工作人员整个职业生涯的劳动贡献。从全社会的角度看，也有两个突出问题：一是由于制度模式不同，机关事业单位与企业之间养老保险关系相互转移接续困难，制约了人力资源合理流动和有效配置。二是机关事业单位与企业之间的退休费(养老金)待遇确定和调整难以统筹协调，同类人员之间的待遇差距拉大，产生不平衡。
第三，在实践探索中逐步积累改革经验。
自上世纪90年代以来，一些地区和行业对改革机关事业单位养老保险制度进行了探索，先后有28个省市开展了局部试点，全国约2100万人参加。按照国家统一部署，部分科研院所和经营性文化事业单位相继启动“事业转企业”改革。2008年，国务院决定在5个省市先行开展事业单位养老保险制度改革试点，与事业单位分类改革配套推进。这些改革，由于没有更高层次的整体设计，政策的统一性、规范性不足，因而并未从总体上、根本上改变现行退休制度;但把改革中的主要矛盾梳理得越来越清晰，也取得了一些局部经验，应该说，为全面实施改革奠定了实践基础
