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湖北省卫生计生人才交流发展中心内设六个部门，具体机构和职能如下。
一、综合部（政策研究室）：负责综合协调中心各部门行政运行，拟订中心各项制度、计划和总结；负责文电处理、内部会议、考勤考核等日常运转工作；为领导决策提供参谋；负责领导批示办理事项的督查督促工作；负责报告、通告、新闻宣传、政务信息等服务工作；负责中心预决算、办公场所以及人员的后勤保障工作。政策研究室挂靠综合部，负责中心重要文稿的起草，以及中心各部门调研方案、科研课题的组织协调；负责研究设计各业务项目的运行模型，为业务开展和实施提供理论支撑；负责对业务运行过程中的政策性问题进行对策研究。
二、人才服务部：负责全省卫生人才的人事公共服务及相关工作；负责为卫生人才交流搭建平台；负责医学生和毕业生的就业指导工作；负责推进全国卫生人才中心联盟的成立，并具体承担联盟秘书处工作；负责筹建国卫人力资源开发有限公司，并指导联系业务开展。
三、人才培训部：负责全省卫生人才培训的标准化体系的组织实施工作，拟订并组织相关培训项目和考评；负责组建全省卫生人才培训基地；负责组建“师资库”和编写整理教材；负责推动院校教育、毕业后教育和继续教育的组织协调工作；负责承办全省住院医师（全科医师、专科医师）规范化培训结业考核工作。
四、人才评价部：负责构建卫生人才评价体系，承办全省卫生技术高级职务评审委员会评审对象的职称评审工作，推行社会化第三方评价。
五、医学考试部：负责会同有关部门组织实施卫生行业从业人员的资格准入考核；拟定我省医学相关理论考试和技能操作考试基地发展规划并促进建设；具体承担全省医师资格考试、护士执业资格考试、卫生专业技术资格考试和住院医师规范化培训结业考试的省级考务管理工作。
六、网络部：负责开发和搭建面向全国的卫生人力资源信息平台和各业务子平台；负责湖北卫生上大学网的运维和信息发布；负责中心其他部门信息化系统的建设和运维；负责中心办公硬件、软件维护工作。
