世纪初中国高等教育必然要向两个方向发展：一是精英教育，二是大众化教育。为了防止精英教育受到大众化教育的冲击出现质量的下降，在高等教育大众化实施过程中，必须保护精英教育。在今天看来，他的预言被一一印证。
针对学术研究领域出现的浮躁风，潘懋元常告诫学生，理论研究要避免“大、空、洋”，“大”就是题目大、口气大，认为别人的研究一无是处，只有自己的理论是“填补空白”的；“空”即空对空，研究的结论纯粹是由理论推导出来，空话连篇；“洋”就是喜欢搬洋人的话，以壮大自己的声势。而真正有原创力的理论，必须来源于实践、指导实践。
潘懋元提倡广泛调查、深入考察、参与教育实践，尽可能使科研成果客观一些、科学一些，并充分考虑科研成果的可行性。他的学生王琪说：“先生出去，从来不急于提观点、讲意见，而是要求大家调查、再调查。”
虽然对学生要求严格，但潘懋元坚持尊重学生观点。在博士生选择学位论文选题时，他总是充分尊重学生，他说，学生选的题往往是自己感兴趣的问题，也是从自己的知识结构或工作经历中引发出来的。学生自己选的题，就会其乐无穷地去探究，就不会觉得苦，往往会得出新的观点。
这几年，潘懋元设立“懋元奖”，从个人积蓄中拿出近40万元，对优秀年轻师生给予奖励。他说：“我个人在物质生活上已经没有什么可追求的了，最大的乐趣是得天下英才而育之。”
