研究室仅仅走出了第一步。高等教育学要想成为一门独立的学科，还必须有教材、专著。潘懋元根据多年研究反复推敲，提出了《高等教育大纲》(讨论稿)，并组织北京、上海和厦门的9位青年教师，按照大纲分工撰写。1983年，《高等教育学》全书完稿，1984年正式出版，中国终于有了第一部属于自己的高等教育学专著，这一年潘懋元64岁。
上世纪80年代，高等教育与市场经济、知识经济的关系，高等教育大众化等问题，不断涌入潘懋元的研究范围。这时，他已经过了60岁，但他却享受着自己学术的春天。
1986年，66岁的潘懋元应邀去日本参加“亚洲高等教育系统中的公立和私立体制??问题与展望”理论研讨会。听了与会欧美高校代表关于民办高校情况的报告，回来后他提出了一个新命题：中国能否发展好民办教育？
当时党的十三大还没有召开，所有制问题还是“雷区”，在教育这个领域讨论“私有”，有踩“红线”的危险。
为了说服反对者，他采取了迂回策略，他对西方国家私立高校进行了深入研究，又认真领悟了国家政策和改革趋势。1987年，他发表文章提出，民办高等教育在中国发展是可行的。这个观点首先破解了发展民办高校的理论难题，为当时刚萌芽的民办高等教育提供了理论支持。之后的实践，也验证了他的预言。
在高等教育大众化领域，潘懋元再次体现了作为研究者的前瞻眼光。
1997年，我国高等教育的毛入学率是7.6%,加上高等教育自学考试也仅为9.1%。而这方面的国际权威理论学者马丁?特罗认为，高等教育毛入学率低于15%为精英教育阶段，15%到50%为大众化阶段，高于50%为普及化阶段。因此，当时很多人认为，这个时候在中国提出高等教育大众化不符合国情，是“理论误导”。
但潘懋元坚持关注并研究高等教育大众化问题，他认为中国走高等教育大众化道路是必然的选择，需要提前进行研究。随后，他陆续写了《中国高等教育大众化之路》、《高等教育大众化的教育质量观》等系列文章。
他还预言，21
