化项目管理机构。专业机构负责受理项目申请，组织项目评审立项、过程管理和验收。
三是设立战略咨询和综合评审委员会。为联席会议的决策提供咨询、提供支撑。统一对科技发展战略规划和科技计划（专项、基金等）提供决策咨询，对项目评审提出指导意见，对特别重大的项目组织评审。
四是建立统一的评估和监管机制。从任何渠道下去的，中央财政的，中央财政科技经费由科技部、财政部统一监管。监督和评估结果作为财政后续支持的重要依据，提高科技投入的绩效，多出成果和人才。
五是建立动态调整和终止机制。定期评估，非因科学研究正常原因实施效果不好的，或者已经完成历史使命的，就要及时调整或终止。
六是完善国家科技管理信息系统。为科技计划（专项、基金等）宏观统筹和信息公开提供技术支撑，并主动向社会公开信息，接受公众监督。
973计划、863计划、国家科技支撑计划等将优化整合
根据实施创新驱动发展战略的新要求、政府科技管理职能的新定位和科技创新呈现出的新态势新特征，《方案》提出新的科技计划（专项、基金等）体系，主要包括五个方面。
一是国家自然科学基金。加强基础研究和科学前沿探索，支持人才和团队建设，增强我国源头创新能力。
二是国家科技重大专项。聚焦国家重大战略产品和重大产业化目标，在设定时限内进行集成式协同攻关，解决国际科技竞争中“卡脖子”问题。
三是国家重点研发计划。解决国民经济和社会发展各主要领域的重大、核心、关键科技的瓶颈问题。
四是技术创新引导专项（基金）。通过风险补偿、后补助、创投引导等方式，按照市场规律引导支持企业技术创新活动，促进科技成果转移转化和资本化、产业化。
五是基地和人才专项。加强科研条件建设，促进科技资源开放共享，打造国家科技创新高地，支持创新人才和优秀团队的科研工作。
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