一、招生对象不同
五年制大专又被称为初中起点的专科教育或五年一贯，招生对象是九年义务教育的毕业生，中考分数线达到所在地区要求的分数线（分数线较低）之后，就可以报考职业院校的五年大专了。三年制的大专就是高中毕业生通过高考、单招等方式考入专科院校，面向的是高中学历的毕业生，需要参加全国统一的高考或目标院校的单招考试。
二、学制不同
从两者的名字上就能看出区别，五年制大专需要就读五年才能获得大专文凭，具体细分先上三年中专再读二年大专。这五年不能断开，也就是说中间无法获得中专文凭，只能读五年拿大专文凭。三年制大专只需要读三年就能获得专科文凭，加上就读高中的三年，获得大专学历需要6年，要比五年制大专多一年。
三、学费不同
九年义务教育毕业之后，无论是读普通高中还是职业中专都需要缴纳学费，普通高中（公立、私立高中）的收费标准在各个地区存在差异，但是基本不存在免学费的情况。但是国家为了发展职业教育，五年制大专的前三年有很多学校是免学费的，后两年按照国家专科院校收费标准实行。从缴纳学费的情况来看，初中起点的五年制大专要比普通大专花费要少。
四、生源质量不同
五年制大专和三年制大专的生源质量不同，五年制大专的学生基本都是一些中考落榜的考生，强制分流到了职业院校，学习基础和综合能力较差。而普通的.三年制大专，很多通过中考升入普通高中，高考成绩不好才报考的专科院校。总体来说，三年制大专的生源质量要优于五年制大专。
五、毕业证含金量不同
五年制大专和普通三年制大专都是国家承认的专科学历，考公务员、事业单位享受同样的待遇。在五年制大专的毕业证书上一般会标明“初中起点”或“五年一贯”的字样，企业在招聘时，更加偏向于普通三年制大专，认可度更高。因此，普通三年制大专的含金量要高于五年制大专。
