哈尔滨工程大学有2个校区，分别是哈尔滨工程大学青岛校区。哈尔滨工程大学本部。
哈尔滨工程大学坐落于哈尔滨市。学校前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（“哈军工”）。1996年，进入首批“211工程”建设高校行列；2011年，进入国家“985”工程优势学科创新平台项目建设高校行列。学校现隶属于国家工业和信息化部，是我国“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）领域重要的人才培养和科学研究基地。学校占地面积125.61万平方米，建筑面积93.13万平方米。
哈尔滨工程大学本部：黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号
青岛校区：8月30日，青岛市人民政府与哈尔滨工程大学签署了《共建哈尔滨工程大学青岛校区框架协议》，将在青岛西海岸新区建设哈尔滨工程大学青岛校区，主要建设“四院一园”，即哈尔滨工程大学 (青岛学院)、国际联合学院、校企联合学院、青岛研究院和青岛船舶产业园。
院系设置
| 船舶工程学院 | 动力与能源工程学院 | 水声学院 |
| 软件学院 | 机电工程学院 | 经济管理学院 |
| 理学院 | 人文学院 | 核科学与技术学院 |
| 航天与建筑工程学院 | 马克思主义学院 | 自动化学院 |
| 计算机科学与技术学院 | 国家保密学院 | 信息与通信工程学院 |
| 材料科学与化学工程学院 | 外语系 | 国际学院、继续教育学院 |
| 体育部 | 国防教育学院、武装部 |
