二是单位制度不健全或执行不力。有的单位制度缺失或“碎片化”，部门各自为政，不成体系。有的制度多年未及时更新，与现代管理制度严重脱节或者没有形成适合自己的独立制度，以参照执行上级单位制度来敷衍了事。有的单位制度形式化，束之高阁，日常工作凭经验。有的单位制度教条化，条款生搬硬套，不符合自身特点，操作性差。有的单位岗位责任制和议事决策机制，经济活动的决策、执行、监督有效分离机制不健全。有的单位内部控制关键岗位人员轮岗、AB岗制度、回避制度等没有得到有效实施。
三是单位会计基础管理存在漏洞。有的单位不相容职责未分离，相互制约缺失，关键岗位人员离岗存在工作交接不清等。有的单位没有建全印章和票据管理制度，没有按照规定设置票据专管员、建立票据收、发、存台账。有的单位出纳人员没有从业资格证书，无证上岗。有的单位合同管理不够规范，业务部门合同签订后没有及时提交财会部门，没有定期对合同进行统计、分类和归档。
四是单位资产管理有待加强。有的单位固定资产管理没有实行“一物一卡”，固定资产清查盘点清单没有实行联签并存档，没有定期及时处理账实不符的情况，单位职工退休或离岗没有办理资产移交的书面记录等。
根据《规范》规定和《财政部关于全面推进行政事业单位内部控制建设的指导意见》要求，单位要建立适合本单位实际情况的内部控制体系，梳理单位各类经济活动的业务流程，明确业务环节，系统分析经济活动风险，确定风险点，选择风险应对策略，在此基础上建立健全各项内部管理制度并督促执行。检查中，很多单位没有按要求进行全面的全面的梳理。
2、原因分析：
一是内部控制观念淡薄。良好的内部控制意识是内部控制制度设计完善和有效运行的基本前提。但一些单位的领导对内部控制制度重要性的认识还不到位，内控意识不强，重发展、轻控制，对内部控制知识缺乏基本了解，把内部控制看成仅是财务部门的事。
二是内部控制制度不完善。财政部制定的《内部会计控制规范》主要是针对企业的，对行政事业单位的适用性较差;有的单位虽然制定了一系列内控制度，但未能严格执行，对制度的执行及效果缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内部控制制度未能发挥应有的作用。
三是管理人员业务素质不能适应内部控
